全部看完后的剧透……

以下全是剧透

兰顿所在的世界是1万2000年左右的西历世界，而ao所在的世界是2015年左右的西历世界。ao的时间轴在交响诗篇第一部之前。
交响诗篇第一部结局时人类和珊瑚岩和解，珊瑚岩踏上寻找其他生存空间的旅程，穿越了时间和平行宇宙，来到了某个世界，但这个世界对于时空转移产生了恐惧，为了消灭不速之客的珊瑚岩，宇宙产生了secret，并且与接触到的珊瑚岩产生珊瑚岩爆效果。珊瑚岩为了躲避secret的袭击，开始了新一轮的时空转移，但是secret紧随其后对其进行追踪。
未来世界的兰顿和优莱卡结婚后，生下了第一个女儿，却因为光粒子浓度过高导致孩子的死亡。优莱卡和兰顿知道了自己的孩子无法生活在光粒子浓度过高的世界。
然后secret也追踪转移的珊瑚岩来到了兰顿的世界，并且几乎毁灭了它，此时的优莱卡已经怀上了ao。在激战之中兰顿为了掩护优莱卡，将优莱卡和他制造的尼尔瓦休neo丢进了珊瑚岩产生的时空转移光柱之中。优莱卡进入交响诗篇ao的时空，在冲绳群岛产下了苍。并且被岛上的人收留。尼尔瓦休neo被日本军占有。因为光粒子稀薄，所以苍顺利的成长了。
10年后secret也来到了这个世界并且想要和冲绳群岛的珊瑚岩产生珊瑚岩爆，优莱卡为了保护ao和岛上的居民坐上了尼尔瓦休neo并且和secret对战，但是敌人数量过多，优莱卡不得不取出珊瑚岩的核心quarts，并且把它带到了其他时空。从此优莱卡的存在变得不稳定，开始进行时空间的漂移。
看到优莱卡将quarts转移走了，进行毁灭任务的secret对任务产生了迷茫，被珊瑚岩同化，诞生了truth这个人形存在。他被同化的瞬间形成的巨大结晶体巨人在爆炸中保护了少女奈留。事后truth被当地被反珊瑚岩的思想家祖安逊收为养子，并单方面灌输了不少反叛意识。
之后的情节就如同动画版第一集开始所演的，在珊瑚岩开发的采掘场附近发生了secret的袭击，苍为了保护被珊瑚岩寄生的少女奈留，坐上了被日军捕获的尼尔瓦休neo，开始了冒险。