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这世界上有两种事实，一种是我们所看到的事实，一种是背后隐藏的真正的事实。
看到的往往是那些像是现实的假象，而另外一个我们看不到的才是真正的答案。
在巴拿马丛林的美军训练基地里，发生了一起神秘的失踪事件。6名受训学员出发进行常规的军事训练，却连同教官韦斯特(萨缪尔·杰克逊饰)在飓风后消失得无影无踪。韦斯特素以严厉著称，和学员之间的关系一向十分紧张。仅存的两名幸存者却保持缄默，不愿与官方合作。整个调查陷入了僵局。
无奈之下，基地指挥官只好请来昔日的学员哈代(约翰·特拉沃尔塔饰)，现在的美国药品管理局官员协助调查。但是军方调查官员朱丽娅少尉(康妮·尼尔森饰)却并不欢迎他的到来。因为其一，哈代被怀疑与其当地毒品贩子有非法交易；其二，哈代也曾是号称魔鬼教官韦斯特的门下弟子，并且和其他的受训者一样对他心存怨恨。
随着调查的展开，哈代与朱丽娅为了整体利益，决定暂时封存彼此的不信任。哈代更使用非常手段从幸免的学员丹巴口中套出惊人“事实”：韦斯特和其他失踪学员是被人谋杀，并且尸首已经被飓风吹走。但另外一个学员肯达尔的供词却与丹巴的大相径庭。
究竟是谁在说谎，或者两人的说法都是谎言？究竟在这个神秘的丛林里发生了怎样的故事？随着调查的继续，更多的谎言，更多的欺骗浮出水面，而一个可怕的事实，也在逐渐向哈代他们靠近……
[“低俗小说”阵容再现？]
对很多影迷来说，本片最引人瞩目的无疑是曾经在黑帮片《低俗小说》中成功塑造经典搭档的约翰·特拉沃尔塔和萨缪尔·杰克逊再次携手拍片。不过，这其实只是片商的宣传噱头而已，因为片中两人并没有真正的对手戏。
在漫长的电影生涯中，约翰·特拉沃尔塔已经不知经历过多少次大起大落了，2000年《地球战场》让他狠栽了一个跟头之后，《剑鱼行动》的成功又使他状态恢复了不少。但接片质量的不稳定，始终是困扰特拉沃尔塔的一个很大的问题。也许也正是看到了这一点，他炒掉了原来的经纪人，并且在接片上保持了极大的谨慎，甚至连《芝加哥》的邀请也已自己曾拍过歌舞剧《油脂》而拒绝了。现在看到《芝加哥》的大获成功，不知道是不是他会有些后悔。
大器晚成的萨缪尔·杰克逊，熬过了默默无闻的70、80年代后，终于在90年代迎来了自己的事业收获期。先是在91年凭黑人导演兼大学校友斯派克·李的名片《丛林热》初露锋芒，接着94年的《低俗小说》不仅使影迷们从此记住了这张面孔，还使他获得了当年的奥斯卡提名，萨缪尔·杰克逊从此一发不可收拾，《杀戮时刻》、《终极警探3》、《王牌对王牌》、《交战规则》、《杀戮战警》、《惊心动魄》……一系列出色电影中的出色表演，使他成为当今活跃在好莱坞一线的为数不多的黑人演技派明星之一。2002年一年更是片约不断，除了《星战前传2》里惊鸿一瞥外，计有《变线人生》、《极限特工》和《51号公式》三部影片与观众见面。今年萨缪尔也没闲着，除这部《基地疑云》外，还有《S.W.A.T.》、《Country of My Skull》和《The Blackout Murders》等等。
[丝丝入扣还是故布疑云？]
《基地疑云》是编剧詹姆斯·范德比特创作的首个剧本，也是他首次担任监制，在此片之前，他的另一部手稿《黑暗降临》已经先行完成制作并已在今年1月和观众见面，据说电影公司为了买下《基地疑云》的剧本可是付出了不少代价，范德比特获得了40万美元的预付款，这对一个新人来说确实非常慷慨。
范德比特表示：“我从小就对神秘悬疑的事物感兴趣。那时我就决心总有一天要写一个充满了曲折和疑团的故事让所有的观众到最后一刻才能猜出答案。”而另一个制片人，本片制作公司凤凰影业的首席执行官迈克更是对剧本极为吹捧，他表示自己一下子就被剧本吸引住了，并且盛赞其充满“希区柯克影片”般的高超悬念设置。他尤其对影片通过多名角色分别叙述各自事实，慢慢推动情节的《罗生门》似的表现手法感到满意。
不过影评人们却对范德比特的剧本诸多挖苦，他们嘲讽《基地疑云》和《黑暗降临》同样的幼稚可笑，“相信很多观众从已开始就能够从影片的欲盖弥彰中了解到幕后的黑手是谁了。我最想说的就是也许制片公司也许在本片投拍前就好好修改一下这个烂剧本。”
约翰·麦克蒂南+约翰·特拉沃尔塔+萨缪尔·杰克逊？初看上去似乎是个很令人期待的组合，使人脑海中产生类似《终极警探》+《低俗小说》之类的美妙联想，但是这多半是痴心影迷的美丽误会罢了。麦克蒂南的作品年表上除了《终极警探》1、3外虽然也有《猎杀红色十月号》这样的经典作品，但他最近几年却在一直走背字，几乎是拍一部赔一部，《13勇士》、《疯狂轮滑》……或许只有未来的《终极警探4》才能挽救他免遭“票房毒药”封号的命运，我们只希望这部《基地疑云》不要成为又一部《最后的动作英雄》或者《地球战场》吧。