一种推测：工程师创造出人类来就是为了大规模繁育...

工程师创造出人类，又为何毁灭人类？这个问题有多种猜测，我感觉其中比较有可能的一种就是：
创造人类只是工程师创造终极生化武器——异形的一个环节而已。工程师粉碎自己，让地球上出现人类这种物种，等人类大规模繁衍到一定数量后，再把生化武器（黑色液体）运往地球，在地球大规模培育异形，将地球作为培育异形的基地。
而且片中说飞船中尸体的年代大约是2000年前，这个2000 应该不是导演随随便便安排的，2000年前，正好是公元0年左右，也就是耶稣诞生的时间，如果当初飞船没有出事故，抵达地球的时间刚好就是“审判日”。
PS：飞船中的墓室的壁画，上面有个异形的浮雕，那个异形已经是正传中异形的样子了，说明工程师2000年前就掌握了制造异形的方法。